蓬莱阁每个建筑单体由多种风格的楼亭殿阁所簇拥，犹如众星拱月。阁内布局奇巧，浑然成体；层层迭迭，错落有致。各亭殿内楹联碑文琳琅满目。蓬莱阁主阁是一座双层木结构建筑，丹窗朱户，飞檐列瓦，雕梁画栋，古朴壮观。登上主阁，凭栏四顾，轻纱般的云雾缠绕阁下，亭楼殿阁在掩映中时映时现，使人超凡出世之感油然而生。

建于明代的水城蓬莱阁游览区还包括“水城”在内。蓬莱水城又名备倭城，在丹崖山下，沿着丹崖绝壁向南筑起，周围约3华里，中间是一个人工湖。水城的南门与陆路相通，北门叫水门，是出海口。水门设有巨大的闸门，平时闸门高悬，大小航船进出无阻；有事则放下闸门，切断海上通道。水门外东西两侧，各有炮台一座，互为犄角，控制着附近海面。水城初建于明洪武九年(1376年)，后经多次整修扩建，形成了一个完整严密的海上防御体系。明代明将戚继光曾在这里训练水军，指挥沿海的抗倭斗争，肃清了倭患。两艘古代战船停于城内，接待游人在水城中航行，饱览水城雄姿。