赤眉军打进长安，更始帝逃到城外，樊崇派使者限令更始帝在二十天内投降。更始帝没法，只好带着玉玺向赤眉投降。

赤眉军进了长安，声势浩大。可是几十万将士的口粮发生了困难。富商和地主趁机屯积粮食，长安天天有人饿死。这样一来，长安的混乱局面就没法收拾了。

樊崇带着军队离开长安向西流亡。但是别的地方的粮食也一样困难；到了天水（郡名，在今甘肃）一带，又遭到那里的地主豪强的拦击。樊崇只好又带着大军往东边来。

汉光武帝趁着赤眉军进长安的时候，占领了洛阳。他们一听到赤眉军向东转移，就带领二十万大军分两路埋伏在那里。

汉光武帝派大将冯异到华阴，把赤眉兵引向东边来。冯异用计把一队赤眉军包围在崤山下。他下了战书，跟赤眉军约定时间和地点决战。老实的樊崇不知道敌人的计策，派了一万多赤眉军发动进攻。冯异先派出少数兵士对敌。赤眉军看见汉兵人少，就全军出击。没想到冯异的伏兵上来了，打扮得和赤眉军一模一样，双方混战在一起，分不出谁是赤眉兵，谁是汉兵。

赤眉军正在为难的时候，打扮成赤眉军的汉兵高声叫嚷着“投降！”“投降！”赤眉军兵士一看有那么多人喊投降，没了主意。军心一乱，这一支赤眉军就被缴了武器。

公元２７年１月，樊崇带着剩下的赤眉军向宜阳（今河南宜阳县）方向转移。冯异火速派人报告汉光武帝。汉光武帝亲自率领预先布置好的两路人马截击，把赤眉军围困起来。到了这步田地，樊崇只好派人向汉光武帝求和。

汉光武帝把刘盆子他们带回洛阳，给他们田地房屋，让他们留在洛阳。但是不到几个月，就加上谋反的罪名，把樊崇杀害。